Ο διάδοχος του Χαραλάμπους, Σωφρόνιος, καταγόταν επίσης από τον Καλοπαναγιώτη και προηγουμένως είχε διατελέσει Πρωτοσύγγελλος της Μονής: «Κατά τό αὐτό ἔτος [1824] … ἔγεινεν καί ἡγούμενος εἰς αυτω τω μοναστήρη ὁ ἅγιος πρωτοσυγγελος Σωφρόνιος».
Οι χρονολογίες που δίνονται από τους διάφορους μελετητές είναι αντιφατικές. Οι Χάκκεττ και Παντελίδης δίνουν τα έτη 1822-1827, ενώ οι Χ. Παπαϊωάννου, I. Περιστιάνης, Ν. Γ. Κυριαζής και Ηγούμενος Χρυσόστομος σημειώνουν τα έτη 1824-1827. Πιο ορθά φαίνεται να σημειώνονται τα έτη της ηγουμενίας του από τον Ηγούμενο Κλεόπα και τον Λοΐζο Φιλίππου ως 1824-1826. Σύμφωνα με το Μοναχολόγιο της Μονής Κύκκου, στην ηγουμενία ο Σωφρόνιος «ἔκαμεν μῆνας 18 καί ἀπέθανεν 18 Φευρουαρίου ἡμέρα Σάββατον…». Δεν αναγράφεται το έτος θανάτου του, αλλά θα πρέπει να είναι το 1826, αν θεωρήσουμε ότι ανήλθε στην ηγουμενία τον Αύγουστο του 1824, δύο μήνες μετά τη χειροτονία του προκατό¬χου του, Χαραλάμπους, σε Μητροπολίτη Κυρήνειας (Ιούνιος 1824). Κώδικας της Αρχιεπισκοπής, που σήμερα λανθάνει, καταγράφει ότι «1824 Φεβρουαρίου 8 ἡμέρα β’. Θεοδορου τοῦ στραλάτου [sic] ἔδοσεν τό κυνον χρέος ὁ εἰγούμενος τοῦ Κύκκου Σωφρόνιος». Αυτό, όμως, ίσως πρόκειται για λάθος, καθώς είναι γνω¬στό ότι το 1824 ήταν το έτος κατά το οποίο ο Σωφρόνιος διαδέχθηκε τον Χαρά¬λαμπο. Ο Ν. Γ. Κυριαζής εικάζει ότι ίσως να πρόκειται για την ημερομηνία κα¬τά την οποία έγινε Ηγούμενος, αυτό όμως δεν συμφωνεί με τις καταγραφές του Μοναχολογίου, που υποδεικνύουν ότι ανήλθε στην ηγουμενία γύρω στον Αύγου¬στο του 1824.
Το όνομά του αναφέρεται σε τρία οθωμανικά έγγραφα της περιόδου της ηγου¬μενίας του. Τον Μάιο του 1825 ο Οικουμενικός Πατριάρχης κάλεσε τον Σω¬φρόνιο να επισκεφθεί την Κωνσταντινούπολη για διευθέτηση των υποθέσεων της Μονής μετά την καταστροφή του 1821. Όμως, ο αιφνίδιος θάνατος του Σωφρονίου, που επήλθε τον Φεβρουάριο του 1826, δεν του επέτρεψε να πραγματοποιήσει το ταξίδι.