Οι μελετητές δεν συμφωνούν για τις ακριβείς χρονολογίες της διαχείρισης της Μονής Κύκκου από τον Οικονόμο και μετέπειτα Ηγούμενο Παρθένιο. Ο Hackett αναφέρει τα έτη 1745-1776, ενώ ο Παντελίδης σημειώνει ότι από το 1735 ήταν «οικονόμος και προστάτης της Μονής», και έγινε Ηγούμενος μετά το 1755, μέχρι τον θάνατό του, το 1776. Σύμφωνα με τον κατάλογο του Ηγουμένου Κλεόπα, ο Παρθένιος διηύθυνε τη Μονή από το 1743 μέχρι το 1752, οπότε ενθρονίστηκε Ηγούμενος, ενώ ο Ηγούμενος Χρυσόστομος γράφει ότι ήταν Οικονόμος της Μονής από το 1734 μέχρι το 1754, οπότε ενθρονίστηκε Ηγούμενος. Ο Ι. Περιστιάνης αναφέρει τα έτη 1755-1775, χρονολογίες που υιοθετεί και ο Ν. Γ. Κυριαζής. Ο Λ. Φιλίππου, έχοντας υπόψη του τον λανθάνοντα κώδικα της Μονής, σημειώνει, ορθά μάλλον, ότι ο Παρθένιος διετέλεσε Οικονόμος ανάμεσα στο 1743 και 1759, οπότε έγινε Ηγούμενος, μέχρι τον θάνατό του το 1776.
Όπως αναφέρθηκε πιο πάνω, στο πρακτικό του Αρχιεπισκόπου Κύπρου Φιλοθέου φαίνεται ότι, μετά τον Σκευοφύλακα Χριστόδουλο, τη διαχείριση της Μονής ανέλαβε ο Παρθένιος, ο οποίος, στις 3 Απριλίου 1743, προήχθη από Εκκλησιάρχη σε Οικονόμο. Η ανάληψη της διαχείρισης από τον Παρθένιο φαίνεται και σε δικαιοπρακτικό έγγραφο της Μονής Κύκκου, του Απριλίου 1743, όπου η Αδελφότητα «γνωρίζοντες αὐτόν τῆς τοιαύτης ἐπιστασίας καταπολλά ἄξιον» τον διόρισε Οικονόμο και Επίτροπό της, εξουσιοδοτώντας τον «ἵνα ἔχῃ ἄδειαν νά μετέρχεται ἀνεμποδίστως ἁπάσας τάς ὑπηρεσίας τε καί χισμέστια τοῦ καθ’ ἡμᾶς ἱεροῦ μοναστηρίου ὁποῦ κατά καιρούς συμβαίνωσιν, ἤτε ἐξωτερικά, ἤτε ἐσωτερικά».
Αναφορές, που υποστηρίζουν ότι ο Παρθένιος, σε κάποιο χρονικό σημείο ανάμεσα στα 1742 και 1761, παρακολούθησε μαθήματα του Εφραίμ του Αθηναίου στην Ελληνική Σχολή Λευκωσίας, ότι διετέλεσε βοηθός του, και ότι, μετά την αποχώρηση του δασκάλου, ανέλαβε καθήκοντα διευθυντή της Σχολής μέχρι το 1774 δεν φαίνεται να τεκμηριώνονται. Η πληροφορία αυτή βασίζεται σε χειρόγραφο του 1771, που βρέθηκε στην εκκλησία των Αγίων Βαρνάβα και Ιλαρίωνος στην Περιστερώνα, όπου σημειώνεται ότι αντιγράφηκε «παρ’ ἐμοῦ Παρθενίου ἁμαρτωλοῦ Ἱερομονάχου τοῦ καί διδασκάλου τῆς ἐν Κύπρῳ Σχολῆς συσταθείσης τό πάλαι, χρηματίσαντος ἐπί Παϊσίου καί Χρυσάνθου, … μαθητής δέ ἄν ἔγωγε καί ἀκόλουθος ὡς ὑποδιδάσκαλος, μάλιστα τοῦ σχολείου». Δεν υπάρχει ισχυρός λόγος ταύτισης του δασκάλου Παρθενίου με τον ομώνυμο Ηγούμενο της Μονής Κύκκου, ο οποίος το 1771 διοικούσε τη Μονή ήδη για 28 χρόνια, και βρισκόταν σε προχωρημένη ηλικία, και είναι μάλλον απίθανο να υπέγραφε τη σημείωση ως απλός «Ιερομόναχος». Εξίσου αβάσιμη φαίνεται να είναι και η πληροφορία ότι ο Παρθένιος βρισκόταν το 1774 στη Βενετία, όπου επιμελήθηκε την έκδοση δύο ακολουθιών, κατ’ εντολή του Αρχιεπισκόπου Κύπρου Χρυσάνθου. Οι δύο Ακολουθίες, του Αγίου Μνάσωνος και του Αγίου Ηρακλειδίου, έγιναν «ἐπιδιορθώσει … τοῦ λογιωτάτου ἐν ἱερομονάχοις κυρίου Παρθενίου, τοῦ καί ὁπωσοῦν διδασκαλικοῦ ἐπαγγέλματος ἐπιφέροντος ἐν τῇ Κύπρῳ», πιθανότατα του δασκάλου Ιερομονάχου Παρθενίου που αναφέρθηκε πιο πάνω.
Η δράση του Οικονόμου Παρθενίου ήταν πολύ πλούσια. Στις 8 Σεπτεμβρίου του 1747 υπέγραψε τους παλαιότερους γνωστούς Κανονισμούς της Ιεράς Μονής Κύκκου, που είχε συντάξει ο Εφραίμ ο Αθηναίος, και οι οποίοι σώζονταν σε κώδικα της Μονής. Όπως φαίνεται από τον ίδιο κώδικα, το 1749 ο Παρθένιος έστειλε επιστολή στον Ηγεμόνα της Μολδοβλαχίας Ιωάννη Κωνσταντίνο Νικόλαο Βοεβόδα, εκφράζοντας τη θερμή παράκληση να ενισχύσει οικονομικά τη Μονή, αίτημα που έτυχε ανταπόκρισης. Το 1751, ο Οικονόμος Παρθένιος χρηματοδότησε την πρώτη έκδοση, στο Τυπογραφείο του Αντωνίου Βόρτολι στη Βενετία, του έργου του Εφραίμ του Αθηναίου Περιγραφή της Σεβασμίας και Βασιλικής Μονής του Κύκκου, στο οποίο προέταξε χαιρετισμό «τοῖς ἐντευξομένοις πᾶσι τήν τῶν ποθουμένων ἐπίτευξιν», ενώ δύο χρόνια αργότερα (1753) το έργο κυκλοφόρησε και στα καραμανλίδικα, ως μέρος βιβλίου του Κυκκώτη μοναχού Σεραφείμ του Πισσιδείου, με τίτλο Κολάι ἰμάν νασιχετοῦ, του δεύτερου καραμανλίδικου βιβλίου που τυπώθηκε ποτέ. Σύμφωνα με τον Αρχιμανδρίτη Κυπριανό, το 1757, ο Οικονόμος Παρθένιος παρέστη, μαζί με τον Εφραίμ τον Αθηναίο και άλλους κληρικούς, στην ανακομιδή των λειψάνων του Αγίου Νεοφύτου. Το γεγονός, όμως, που πραγματικά έβαλε σε δοκιμασία τις ικανότητες του Οι¬κονόμου Παρθενίου ήταν η μεγάλη πυρκαγιά της Μονής, που συνέβη το 1751. Με τις ενέργειές του, ο Παρθένιος πέτυχε να ανοικοδομήσει «λαμπρώς» την εκκλη¬σία της Μονής και κάποια κελιά, μέχρι το 1755. Όπως γράφει ο Εφραίμ ο Αθη¬ναίος, κατά τό χιλιοστόν ἑπτακοσιοστόν πεντηκοστόν πρῶτον ἔτος, ἀπό Θεογωνίας, εἰς τόν μῆνα Νοέμβριον, ἐπυρπολήθη ἤδη τρίτον, ἡ Ἱερά αὕτη Μονή ἐξ ὁλοκλήρου, (οὐκ οἶδα ὅπως,) ὁμοῦ μετά τῆς Ἐκκλη¬σίας πρωστατεύοντος τοῦ ἄνωθεν Οἰκονόμου κύρ Παρθενίου, φυλα-χθείσης αὖθις τῆς Ἁγίας Εἰκόνος, ὁμοῦ μετά τῶν λοιπῶν Εἰκόνων, καί ὀλίγων Κειμηλίων. Εἰς δέ τό χιλιοστόν ἑπτακοσιοστόν πεντηκοστόν πέμπτον ἔτος, ἀνοικοδομίθη αὖθις διά προστασιῶν τῆς Θεο¬μήτορος, παρά τοῦ αὐτοῦ Οἰκονόμου, ὑπομείναντος τοῦ ἀοιδίμου, θλίψεις καί στενοχωρίας, καί κόπους οὐκ ὀλίγους. … Ἀνοικοδόμησε δέ αὐτήν ἐκ βάθρων ὁ ἀείμνηστος, πρῶτον μέν τήν Ἐκκλησίαν, μετά θώλου τρίχορον, εἶτα τό Ἡγουμενεῖον πάνυ Ὡραῖον μετά θώ¬λου ὡς ὁρᾶται νῦν, μέ τήν σειράν τῶν ἄνω καί κάτω Κελλίων, καί τά πρός Νῶτον Κελλία τετράχορα, προς τούτοις τό τραπεζαρεῖον, μα¬γειρίον, μαγκειπίον, φοῦρνον, καί κελλάρια, ὁμοῦ καί τά πρός Ἀνατολήν ἀποβλέποντα κελλία.
Σήμερα σώζεται επιγραφή των χρόνων του διαδόχου του, Μελετίου Β’, που υπενθυμίζει την ανοικοδόμηση που έγινε επί Παρθενίου: «… Τοῦ γάρ ἔτους χιλιοστοῦ καί ἑπτακοσιοστοῦ / πεντηκοστοῦ καί πρώτου ἀωρί πόθεν, /πῦρ ἐξαφθέν ἔκαυσε ναόν περίοικά τε πάντα,/ σωθέντων πατέρων θεσπεσίῃ χάριτι, εἰκόνος εὐαγέος Θεομήτορος, ἥν γε φέροντες /ᾤκησαν πρῶτον Βασιλικήν διετές•/εἶτα Μονήν Ἁγίαν ἐνιαυτόν καί μετά τοῦτον,/πάντα καλῶς αὖθις δείματο Ἡγούμε¬νος, Παρθένιος /Νῦν δ’ ἐπικοσμήσας ὁ ταπεινός Μελέτιος». Ανάμεσα στις ενέργειες του Οικονόμου Παρθενίου για ανοικοδόμηση της Μονής περιλαμβά¬νονταν το άνοιγμα καταλόγου συνδρομών, στον οποίο συνεισέφερε και ο ίδιος το ποσό των 1.000 γροσιών, καθώς και η κυκλοφορία φυλλαδίου σχήματος 16° στο εξωτερικό, με το οποίο ζητούσε τη συνδρομή των εκτός Κύπρου πιστών, για να «φανῶσι νέοι κτήτορες τοῦ Μοναστηρίου προσμένοντες τόν μισθόν των παρά Θε¬οῦ μέ τήν ἐκ τῆς Παρθένου Θεοτόκου βοήθειαν». Οι πολύ δύσκολες συνθήκες μέσα στις οποίες αναγκάστηκε να εργαστεί για την ανοικοδόμηση της Μονής ο Οικονόμος Παρθένιος αποτυπώνονται σε κείμενα του σύγχρονου του, Κυκκώτη μοναχού Σεραφείμ του Πισσιδείου, ο οποίος σημειώνει ότι η καταστροφή δεν σταμάτησε τις εκδοτικές προσπάθειες του Παρθενίου, ο οποίος, αντιθέτως, «ἔγραφεν ἐμοί εἰς Βενετίαν ὅτι νά μή ἀμελῶ τοῦ ἔργου, ἀλλά μᾶλλον νά προθυμοποιοῦμαι ὅπως λάβῃ πέρας τό ἐπιχείρημα πρός πεισμονήν τοῦ τά καλά ἐμποδίζοντος, πα¬μπόνηρου ἐχθροῦ». Όπως σημείωνε ο Σεραφείμ, ο Παρθένιος, «ὁ τῷ ἅλατι τῆς ἀληθινῆς Σοφίας ἡρτημένος, καί τῇ γνώσει τοῦ Θείου λόγου τοῦ Εὐαγγελίου σεσοφισμένος, καί τῇ τελειότητι τῆς ἀρετῆς κεκοσμημένος», «πόσα καί πο¬ταπά θαυμάσια ἔργα ἀποτελέσας, ἡρώων ἀνδρῶν κατορθώματα ἡρωϊκῶς ἐκατόρθωσε, καί ἔπραξε, καί εἰς ἔκβασιν ἔφερεν».
Σύμφωνα με καταγραφή στον λανθάνοντα κώδικα της Μονής Κύκκου, στις 8 Σεπτεμβρίου 1759, ο Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Παΐσιος προήγαγε τον Οικονόμο Παρθένιο σε Ηγούμενο. Είναι άγνωστα γιατί καθυστέρησε τόσα χρόνια η προαγωγή του, πάντως φαίνεται ότι κατά την περίοδο αυτή ο Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Φιλόθεος θα πρέπει να είχε αναλάβει ενεργό ρόλο στη διαχείριση της Μονής. Σύμφωνα με τα πρακτικά του Μαρτίου 1737 και του Απριλίου 1743, ο Αρχιεπίσκοπος Φιλόθεος προέβη σε οικονομικό έλεγχο της διαχείρισης της Μονής, μετά τον θάνατο του Ηγουμένου Σωφρονίου και την παραίτηση του Σκευοφύλακα Χριστόδουλου αντιστοίχως. Επίσης, οθωμανικό χοτζέτι της 17ης Ιουλίου 1748 σημειώνει ότι, μετά τον θάνατο του Ηγουμένου της, η Μονή «πέρασε υπό την επιτροπεία και εποπτεία του αρχιεπισκόπου», ενώ άλλο οθωμανικό έγγραφο, της 13ης Μαΐου 1754, αναφέρει τον Φιλόθεο ως «επόπτη» (nazir) της Μονής. Είναι αξιοσημείωτο το γεγονός ότι κατά την ίδια περίοδο και οι άλλες μεγάλες Σταυροπηγιακές Μονές του νησιού αντιμετώπιζαν διοικητικές ανωμαλίες: η Μονή Μαχαιρά διοικείτο επίσης από Οικονόμο, που ονομαζόταν επίσης Παρθένιος και ήταν αραβόφωνος, ενώ το 1757 ο Αρχιεπίσκοπος «απέβαλε» από την ηγουμενία της Μονής Αγίου Νεοφύτου τον Ηγούμενο Αθανάσιο, αντικαθιστώντας τον με τον επιστάτη Χρύσανθο. Τα στοιχεία αυτά ίσως να δείχνουν ότι ο Αρχιεπίσκοπος Φιλόθεος επέλεξε να αναλάβει προσωπικά τη διαχείριση των Σταυροπηγιακών Μονών της Κύπρου.
Το όνομα του Παρθενίου αναφέρεται σε αρκετά οθωμανικά έγγραφα της περιό¬δου αυτής, και σε ορισμένα καταγράφεται ως «Παρθένιος παπα-Νικόλα». Πε¬ριλαμβάνεται επίσης και σε κάποια από τα μέχρι σήμερα εκδομένα ελληνικά δικαιοπρακτικά έγγραφα της Μονής. Δεν φαίνεται, όμως, δυνατό να εξακριβω¬θεί αν ο Παρθένιος, που αναφέρεται σε επιστολές που επεσήμανε ο I. Περιστιάνης στους κώδικες του χωριού Λετύμπου, ταυτίζεται με τον Οικονόμο και Ηγού¬μενο Παρθένιο.
Σημαντικό γεγονός της ηγουμενίας του Παρθενίου ήταν η ανανέωση του Σιγιλλίου των Σταυροπηγιακών δικαιωμάτων της Μονής Κύκκου, από τον Οικουμε¬νικό Πατριάρχη Σεραφείμ Β’, το 1760, η οποία πιθανότατα προήλθε από πρω¬τοβουλία του νέου Ηγουμένου της Μονής.
Ο Παρθένιος ήταν μουσικός και, στον κώδικα 14 της Μονής Κύκκου, σώζονται δύο ύμνοι που συνέθεσε ο ίδιος, το «Γεύσασθε» και το «Έφριξε γη». Σε μία από τις συνθέσεις του σημειώνεται ότι ήταν «εἰρμός τοῦ Χαλάτζογλου ἐξηγήθη παρά κύρ Παρθενίου Οἰκονόμου τῆς Κύκκου», ενώ στην αρχή του κώδικα αναγράφεται: «μικρόν πρός χρηματισάντων διδασκάλων ταύτης τῆς τέχνης ἐν τῇ τοῦ Χριστοῦ καί Θεοῦ ἡμῶν Μεγάλῃ Ἐκκλησίᾳ, καί ἄχρι δεύρω πρωτοψαλτῶν τε καί λαμπαδαρίων. Ἐν ᾗ καί τινες πρόσκεινται ὡς καί οὗτοι, ἐκείνων χρηματίσαντες φοιτηταί …». Με βάση αυτά, ο Σ. Χατζησολωμός εικάζει ότι ίσως ο Οικονόμος Παρθένιος να σπούδασε σε σημαντικούς διδασκάλους της βυζαντινής μουσικής παράδοσης, στο περιβάλλον του Οικουμενικού Πατριαρχείου, όπως ήταν ο Πα¬ναγιώτης Χαλάτζογλου (1728). Αν αυτό ευσταθεί, τότε έχουμε την παλαιότερη γνωστή περίπτωση Κυκκώτη μοναχού που σπούδασε εκτός Κύπρου, πιθανότα¬τα με τη συνδρομή της Μονής Κύκκου.
Σύμφωνα με σύγχρονους μελετητές, επίσης, ο Ηγούμενος Παρθένιος ίσως να ταυ-τίζεται με τον ομώνυμο τυπικάρη της Εκκλησίας της Κύπρου, που αναφέρεται ως γραφέας της ακολουθίας του Αποστόλου Τυχικού, το 1757, σε χειρόγραφο από το χωριό Μέσανα της Πάφου.
Ο Ηγούμενος Παρθένιος πέθανε στο Μετόχιο Αγίου Δομετίου, όπως ονομαζό¬ταν τότε το Μετόχιο του Αγίου Προκοπίου, τον Ιανουάριο του 1776, και τάφηκε σε κόγχη στον βόρειο τοίχο του νάρθηκα της εκκλησίας της Μονής Αρχαγγέλου στη Λακατάμια. Σημείωμα κώδικα της Αρχιεπισκοπής αναφέρει ότι ο Παρθέ¬νιος πέθανε τον Ιανουάριο του 1775: «1775 ηανουαρίου 11 εκοιμιθη ο μακαρίτης ο Παρθενιος ο ηγούμενος». Με τη διαθήκη του, που σώζεται στο αρχείο της Μο¬νής Κύκκου, κατέλιπε την περιουσία του στον Αρχιεπίσκοπο Κύπρου Χρύσαν¬θο και στους τρεις Μητροπολίτες, αφήνοντας επίσης σεβαστά ποσά στους πατέ¬ρες της Μονής, καθώς και στους συγγενείς του. Καθόριζε επίσης ως διάδοχό του τον ανεψιό του, Οικονόμο Μελέτιο.
Σε κείμενα μελετητών του 20ού αιώνα υπάρχουν αναφορές για Ηγουμένους της Μονής Κύκκου που έδρασαν κατά την περίοδο της ηγουμενίας του Παρθενίου. Ο I. Περιστιάνης εντόπισε σε επιστολές του κώδικα της Λετύμπου αναφορές σε κάποιον Ιερομόναχο Νικόδημο, τον οποίο θεωρεί ως τον «Ηγούμενο Κύκκου Νικόδημο Β’ (1740-1755)». Αναφορές για Ηγούμενο με το όνομα Νικόδημος από την περίοδο αυτή δεν υπάρχουν, καθώς είναι γνωστό ότι υπεύθυνος για τη Μο¬νή ήταν καθ’ όλο αυτό το διάστημα ο Παρθένιος. Ο Ν. Γ. Κυριαζής διερωτάται κατά πόσο η συμπερίληψη του Νικόδημου στον κατάλογο Ηγουμένων του Περιστιάνη προερχόταν από αβλεψία, ή σύγχυση με τον Σκευοφύλακα Χριστοδήμο, που αναφέρει ο Λ. Φιλίππου. Ο Α. Γιακόβλεβιτς, ενώ αρχικά είχε συμπερι¬λάβει τον «Νικόδημο Β’» στον κατάλογο Ηγουμένων, κατέληξε τελικά στο συ¬μπέρασμα ότι δεν υπήρχε.
Άλλοι Ηγούμενοι που φαίνεται ότι δεν υπήρξαν, ήταν ο Ηγούμενος Άνθιμος, που αναφέρεται σε δύο οθωμανικά φιρμάνια της 6ης Σεπτεμβρίου του 1760, καθώς και ο Ηγούμενος Ιωαννίκιος, που αναφέρεται σε οθωμανικό χοτζέτι του Μαΐου/Ιου¬νίου του ιδίου έτους. Το 1760, ένα χρόνο μετά την ενθρόνιση του Παρθενίου στην ηγουμενία της Μονής Κύκκου, είναι αδιανόητο να υπήρχε άλλος Ηγούμενος. Πε¬ραιτέρω έρευνα πιθανόν να διαλευκάνει το πρόβλημα.