Διάφοροι συγγραφείς δίνουν τα έτη 1650-1661 ως περίοδο της ηγουμενίας του Μητροφάνη. Όμως, το όνομα του Ηγουμένου Μητροφάνη αναφέρεται σε τέσσερα ελληνικά δικαιοπρακτικά έγγραφα από τον Ιούλιο του 1646, τον Σεπτέμβριο του 1679, τον Ιούλιο του 1683 και τον Αύγουστο του 1687. Αναφέρεται, επίσης, σε δύο οθωμανικά έγγραφα από τα έτη 1661 και 1685. Ο μοναχός Βαρνάβας, γραφέας του ελληνικού χειρογράφου 2313 της συλλογής Βατικανού, που περιέχει τη Διήγηση της Μονής Κύκκου και γράφτηκε το 1661, αναφέρει ότι έγραψε το χειρόγραφο επί ηγουμενίας Μητροφάνους: «Ἐχαράχθη τό παρόν ξύσμα ἐν ἔτει αχξαῳ: ἔτος σ(ωτη)ριώδεσ˙ προστατεύοντος μ(ητ)ροφάνους ἱερομονάχου κ(αί) καθἡγουμ(έν)ου τῆς αὐτῆς ἁγί(ας) μονῆς κύκκου:-». Το όνομά του αναφέρεται, επίσης, σε σημείωση του 17ου αιώνα, στον κώδικα Paris. gr. 1073 (f.1): «†το πανασιοτατο καί αηοτατο κν’. κν’ μιτροφανοίς ηαιρομοναχός ηγουμενος κίκκοὐ χεροις εν χ(ριστ)ώ το αλίθίνον Θἐο». Ίσως να ήταν ο Ηγούμενος Κύκκου, ο οποίος συνόδευσε τον Αρχιεπίσκοπο Νικηφόρο κατά την επίσκεψή του στην Κωνσταντινούπολη το 1672, καθώς λαϊκό ποίημα της εποχής αναφέρει ότι «τοῦ κύκκου καθιγούμενος εἶτον και αυτός μιτάτους / σίμβουλος εἰς τά λόγια τους κίς τά καμώματά τους».
Ο Στ. Περδίκης, έχοντας προφανώς υπόψη έγγραφο από το ελληνικό αρχείο της Μονής Κύκκου, αναφέρει ότι ο Μητροφάνης είχε σύντομη ηγουμενία μετά τον Ηγούμενο Νικηφόρο και ότι δολοφονήθηκε από ληστές, που επέδραμαν κατά τη Μεγάλη Εβδομάδα στην Αγία Μονή ένεκα της πείνας. Από τον αριθμό των εγγράφων που αναφέρουν το όνομά του, και από τα έτη που καλύπτουν (1646-1687) η ηγουμενία του Μητροφάνη δεν φαίνεται να ήταν καθόλου σύντομη, εκτός και αν υπήρχαν διαφορετικά πρόσωπα με το ίδιο όνομα.
Σύμφωνα με τον Ιερώνυμο Περιστιάνη, κάποιος Ηγούμενος Παρθένιος αναφέρεται σε κώδικα του χωριού Λετύμπου. Ο Περιστιάνης τοποθετεί την ηγουμενία του ανάμεσα στα έτη 1660-1698, χωρίς να δίνει εξηγήσεις. Η χρονολόγηση αυτή είναι, όμως, προβληματική, καθώς γνωρίζουμε ότι κατά τα έτη εκείνα ηγήθηκαν της Μονής τουλάχιστον τρεις διαφορετικοί Ηγούμενοι, οι Μητροφάνης (1646-1687), Ιωακείμ (1691-1693) και Μελέτιος (1693-1726). Όπως συμβαίνει και με τις περιπτώσεις άλλων «Ηγουμένων» που κατέγραψε ο Ι. Περιστιάνης, όπως ο «Νικόδημος Β’ (1740-1755)», ίσως το πρόσωπο αυτό να μην υπήρξε ποτέ, ή να ήταν Ηγούμενος άλλης Μονής ή άλλης περιόδου.