Ο Νικηφόρος διετέλεσε Ηγούμενος Κύκκου κατά το πρώτο μισό του 17ου αιώνα και, σύμφωνα με ανεπιβεβαίωτες πληροφορίες, καταγόταν από «ευγενή οικογένεια της Κύπρου, πιθανώς φραγκολεβαντίνικης επίσης καταγωγής». Οθωμανικό έγγραφο του 1634 αναφέρει ότι ήταν Ηγούμενος της Αγίας Μονής. Σε επιγραφή της Αγίας Μονής, που χρονολογείται από το 1638, αναφέρεται ως «ΝΗΚΥΦΟΡ(ΟΣ) ΙΕΡΟΜΟΝΑΧΟΣ ΙΓΟΥΜΕΝΟΣ ΚΥΚΚΟΥ ΚΑΙ ΜΩΝΗΣ», κάτι που δείχνει ότι διατηρούσε ταυτόχρονα την ηγουμενία και στα δύο μοναστήρια. Μέρος του ανακαινιστικού του έργου ήταν η ανοικοδόμηση της Αγίας Μονής, το 1638, όπως αναφέρεται σε άλλη επιγραφή της Μονής, αλλά και όπως αναφέρει στην Περιγραφή ο Εφραίμ ο Αθηναίος: «Τοῦτο τοίνυν τό πάλαι διάσημον μοναστήριον, διαφθαρέν και ἐρημωθέν, ἐγένετο μετόχιον τοῦ Κύκκου καί ἀνοικοδομήθη παρά τινος Νικηφόρου, ἡγουμένου ἐπιγραφομένου Κύκκου καί Μονῆς, ὅστις καί Ἀρχιεπίσκοπος ἐχρημάτισε Κύπρου ὕστερον». Ως Ηγούμενος Κύκκου αναφέρεται σε τρία οθωμανικά έγγραφα ανάμεσα στα έτη 1638-1642 (Ιούνιος 1638, Μάιος 1640 και Απρίλιος 1642). Σύμφωνα με τον Ι.Κ. Περιστιάνη, το όνομά του αναφέρεται σε ανέκδοτο κώδικα του χωριού Λετύμπου. Στον κώδικα Paris.gr.1073 (f.1), του τέλους του 14ου αιώνα, υπάρχει η σημείωση «τῷ πανωσιωτ(ά)τ(ῳ) κ(αί) ἁγιωτ(ά)τ(ῳ) κν’κν’ Νυκ(αι)φωρον ειερομοναχως ειγωμενως κηκκου χερις εν χ(ριστ)ώ τω ἀληθεινο θεω», που ίσως να αναφέρεται στον ίδιο Ηγούμενο.
Όσον αφορά στην άνοδό του στον αρχιεπισκοπικό θρόνο, φαίνεται ότι διαδέχτηκε τον Αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο τον Μάιο του 1641, και εμφανίζεται ως Αρχιεπίσκοπος για πρώτη φορά σε έγγραφο του Κρατικού Αρχείου της Βενετίας, με ημερομηνία 14 Ιουνίου 1641, στο οποίο υπογράφει ως μάρτυρας, «ο Κυπρου Αρχιεπισκοπος νικηφόρος». Το γεγονός ότι ως Αρχιεπίσκοπος δεν έπαψε να ενδιαφέρεται για τη Μονή Κύκκου φαίνεται από το γεγονός ότι της αφιέρωσε το 1653 ξύλινο αντιμήνσιο, που θεωρείται σημαντικό έργο τέχνης, και φέρει, ανάμεσα σ’ άλλα, την επιγραφή: «…ἱερουργηθέν παρά τοῦ Μακαριωτάτου Ἀρχιεπισκόπου Πάσης Κύπρου κ[αί] Νέας Ιουστινιανῆς Κυρίου Νικηφόρου ποιηθέν κ[αί] ἀφιερωθἐν ἐξ αὐτοῦ εἰς τήν Ἁγίαν Μον[ήν] Κύκ[κ]ου ἔτει Χ[ριστο]ῦ ΑΧΝΓ’».
Όπως μαρτυρεί επιγραφή στον ανατολικό εσωτερικό τοίχο του νάρθηκα της Μονής Αρχαγγέλου, ο ναός ανοικοδομήθηκε το 1660 από τον Αρχιεπίσκοπο Νικηφόρο: «†ΑΝΟΙΚΟΔΟΜΗΘΙ Ο ΠΑΝΣΕΠΤΟΣ ΝΑΟΣ ΑΡΧΑΓΓΕΛΟΥ ΜΙΧΑΗΛ. ΔΙΕΞΟΔΟΥ ΤΟΥ ΜΑΚΑΡΙΩ[ΤΑΤΟΥ] ΑΡΧΙΕΠΙΣΚΟΠΟΥ ΠΑΣΗΣ ΚΥΠΡΟΥ Κ[ΥΡΙΟ]Υ ΝΙΚΗΦΟΡΟΥ. ΕΤΕΙ ΑΧΞ. ΕΝ ΜΗΝΙ ΙΟΥΝΙῼ». Πρέπει να ληφθεί, όμως, υπόψη ότι η Μονή Αρχαγγέλου την εποχή εκείνη ανήκε στην Αρχιεπισκοπή και δεν ήταν ακόμα Μετόχιο της Μονής Κύκκου.
Άλλο γεγονός που τον συνδέει με τη Μονή είναι και η μετάβασή του το 1672 στην Κωνσταντινούπολη, όπου υπέγραψε, μαζί με τους Πατριάρχες Κωνσταντινουπόλεως, Αντιοχείας και Ιερουσαλήμ, το Σιγίλλιο για τα Σταυροπηγιακά δικαιώματα της Μονής Κύκκου. Εικάζεται ότι ως πρώην Ηγούμενος, και εκφράζοντας το ενδιαφέρον του για τη Μονή, ήταν αυτός που μερίμνησε για την έκδοση του Σιγιλλίου.
Ο Αρχιεπίσκοπος Νικηφόρος παραιτήθηκε το 1674, ίσως μετά από ενέργειες του διαδόχου του, Ιλαρίωνα Κιγάλα, με τον οποίο φαίνεται ότι εξακολούθησε να βρίσκεται σε σύγκρουση και κατά τα χρόνια που ακολούθησαν. Σε επιστολή του Αρχείου του Γαλλικού Προξενείου αναφέρεται ότι το 1677 εξακολουθύσε να υπογράφει ως Αρχιεπίσκοπος Κύπρου, ενώ αναφορά του G. Hill, χωρίς τεκμηρίωση, δίνει την πληροφορία ότι βρισκόταν στη ζωή ακόμα και το 1679.