Ο Ηγούμενος Κύκκου Αθανάσιος αναφέρεται σε οθωμανικό έγγραφο της Μονής από τον Αύγουστο του 1605. Το κείμενο του εγγράφου σημειώνει ότι ο Αθανάσιος υπηρέτησε στη Μονή για σαράντα χρόνια, αλλά παρά την προσφορά του, διορίστηκε άλλος Ηγούμενος, ο Ιερεμίας «ανάξιος εμπιστοσύνης και «ξένος» (ως προς τη μονή)». Η Αδελφότητα ήθελε για Ηγούμενο τον Αθανάσιο, και απειλούσε να εγκαταλείψει τη Μονή αν παρέμενε ο Ιερεμίας. Ο Επίσκοπος που επελήφθη της υπόθεσης αποφάσισε να κατέχει ο Αθανάσιος το αξίωμα του Ηγουμένου «μόνιμα και σταθερά», αλλά η ελληνική σημείωση του εγγράφου αναφέρει ότι τελικά «ἀπεδιώχθησαν καί οἱ δύω καί ἔγινεν ὁ συμεών ἔτος τούρκων 1014 (1605)».
Δεν αναφέρεται ποια ήταν η αρχή, η οποία έπαυσε τον Αθανάσιο και «διόρισε» στη θέση του τον Ιερεμία. Κατά την περίοδο αυτή σημαντικό ρόλο στα εκκλησιαστικά πράγματα της Κύπρου διαδραμάτιζε το Οικουμενικό Πατριαρχείο, και μερικά χρόνια ενωρίτερα, το 1600, ο Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Αθανάσιος καθαιρέθηκε από τον Οικουμενικό Πατριάρχη Ματθαίο Β’, ο οποίος διόρισε στη θέση του τον Αρχιεπίσκοπο Βενιαμίν. Η εκκλησιαστική διαμάχη, όμως, συνεχίστηκε, με τον Αθανάσιο και τους οπαδούς του να αρνούνται να αναγνωρίσουν τον νέο Αρχιεπίσκοπο, τουλάχιστον μέχρι το 1605, όταν ο Βενιαμίν παραιτήθηκε. Δεν είναι γνωστό αν η διαμάχη στη Μονή σχετιζόταν με τη γενικότερη εκκλησιαστική διένεξη στο νησί, κάτι που φαίνεται να είναι πολύ πιθανό.